Le problème est de définir une distance entre deux mots qui ont évolué d'un même ancêtre.

Rappel, la probabilité que le site soit occupé au temps t par une lettre identique à celle au temps 0 et P\left(t\right) = \frac{1}{n}+\frac{n-1}{n}e^{-\alpha n t}.

La probabilité que deux mots aient 2 lettres identiques dans un même site au temps t qui soient identiques à la lettre au temps 0, puisqu'ils sont censés évoluer indépendamment, est P(t)*P(t).

La probabilité que deux mots aient 2 lettres identiques dans un même site au temps t qui différent de la lettre au temps 0? Q(t)*Q(t).

La probabilité p(t) que deux mots aient 2 lettres identiques dans un même site au temps t?